İstanbul’un fethi yalnızca Türk ve İslâm tarihi açısından değil tüm insanlık için büyük bir dönüm noktası olmuştur. Osmanlı Devleti çok geniş bir coğrafyada yüzyıllar boyunca barış, hoşgörü ve refahı tesis etmiştir. Tarihte “Osmanlı Barışı” (Pax Ottomana) olarak anılan bu dönem, günümüzde dinmek bilmeyen çatışmalar ve savaşlarla anılan Ortadoğu, Kuzey Afrika, Balkanlar ve Kafkasya gibi çetin coğrafyalarda benzersiz bir huzur iklimi ve bir medeniyet tasavvurunun yansımasıdır. Asırlar boyu çok çeşitli millet, kavim, dil, din, mezhep ve meşrepten insanın huzur ve barış içerisinde bir arada yaşamasını temin eden engin hoşgörü anlayışı, İstanbul’un fethinin ilk dakikalarından itibaren Fatih Sultan Mehmed Han’ın tavrında kendisini göstermiştir.
Osmanlı’da asırlar boyu sürdürülen bir gelenek, fethedilen bir şehrin en büyük mabedinden ezan okunması ve ilk Cuma namazının bu mabedde kılınmasıdır. Böylece, o şehrin fethedildiği tescillenmekte, ilgili mabed “Fethiye Camii” olarak anılmakta ve şehirdeki diğer mabedlere gerekli olmadıkça dokunulmamaktadır. Fatih Sultan Mehmed Han, fetih sembolü olarak sancağını Ayasofya’nın ortasındaki mihrabın bulunduğu yere dikmiş, kubbeye doğru bir ok fırlatmış ve ilk ezanı kendisi okuyarak, İstanbul’un fethini tescillemiştir. Ardından, şükür secdesi yaparak, iki rekât namaz kılmıştır. Bu davranışıyla da Ayasofya’yı camiye çevirdiğini göstermiştir.
Fetihin üçüncü gününde ilk Cuma namazı da fetihin manevi mimarı Akşemseddin’in imametinde Ayasofya Camii’nde kılınmıştır. Üç günlük süre içinde gece gündüz süren hazırlıklarla Ayasofya’ya mihrap ve minber konulmuş, ayrıca tahtadan bir minare dikilmiştir. Ayasofya içerisindeki taşınabilir heykel ve ikonaların caminin dışına alınmasını, duvarlardaki mozaik resimlerin ise kireç tabakayla örtülmesini emreden Fatih Sultan Mehmed Han, bu ilk Cuma namazında ordusuna bir hutbe irad etmiştir.
İstanbul’un fethinin hemen ardından Fatih Sultan Mehmed Han uzun süredir iyi bir idareden mahrum kaldığı için fakirliğe ve yıkıma mahkum olmuş İstanbul’u ve Ayasofya başta olmak üzere barındırdığı eserleri hızla yeniden yapılandırma gayreti içerisine girmiştir. Bu yeniden yapılandırma gayreti ise, Türk-İslam Medeniyeti’nin toplumsal yapısında merkezi bir öneme sahip olan vakıflar üzerinden gerçekleştirilmiştir. Bu bağlamda, İstanbul’un fethiyle, Roma İmparatoru unvanını alan ve Bizans hanedanı üzerine kayıtlı bulunan tüm mülklere sahip olan Fatih Sultan Mehmed Han, Ayasofya’da kılınan ilk namazla birlikte camiyi vakfetmiş, “Fatih Külliyesi ve Ayasofya-i Kebir Vakfı”nı kurmuş, Ayasofya’nın ilelebet muhafazasını vasiyet etmiş ve cami hüviyetinin devamlılığını şart koşmuştur.
İstanbul’un tüm sosyal hizmetlerini karşılamak üzere vakıflar ihdas edilmiştir. Böylece, İstanbul bilim, eğitim, sanat, sosyal yardımlaşma gibi alanlarda kusursuz bir sistem olarak görülen vakıf kültürünün yaşama geçirildiği en başarılı merkezlerden biri haline gelmiştir. İstanbul, Türk-İslam Medeniyeti’nin üstün şehircilik anlayışını temsil eden bir görünüme bürünmüştür.
Vakıflar, kadılık makamı tarafından tescil edilen bir ‘vakıf senedi’ ile ihdas edilmektedir. Vakıf senetleri, padişah dâhil herkes için bağlayıcı hükümler içermektedir. Fatih Külliyesi ve Ayasofya-i Kebir Vakfı’nın hukuki statüsünü belirleyen 1462 tarihli vakfiye de bu açıdan en önemli belgelerden biri olarak kabul edilmektedir.
Bu vakfiye, Türk ve İslam Eserleri Müzesi’nde 2202 (eski 666) numarayla kayıtlı bulunmaktadır. Vakfiyenin Evkaf Nezareti döneminde yapılan suret kaydı ise, Vakıflar Genel Müdürlüğü Arşivi’nde İstanbul 6. Vakfiye defterinde 46 numarada kayıtlıdır. Aynı vakfiyenin Türkiye Cumhuriyeti döneminde yapılan Latin harfli çevirisi de Vakıflar Genel Müdürlüğü Arşivi’nde 575 numaralı defterde 82. sayfadan itibaren 46 sıra numarası ile kayıtlıdır. Bu belgede vakfın hayır müesseseleri, hayır şartları, akarları, yönetimi gibi konular detaylı biçimde anlatılmakta ve her vakıf senedinde olduğu gibi bir “vakıf duası” ve bir de “vakıf bedduası” yer almaktadır.
Fatih Sultan Mehmed Han’ın Ayasofya vakfiyesi incelendiğinde, bu vakfın bilhassa eğitim, din ve sağlık hizmetleri açısından dönemin en önemli kurumsal yapılarından biri olduğu anlaşılmaktadır. Ayrıca bu hizmetlerin devamlılığını temin etmek için çok sayıda çarşı, pazar, dükkân ve ev akar olarak vakfedilmiştir.
Osmanlılar fethin nişanesi olarak kabul ettikleri ve kıymet verdikleri Ayasofya Camii’ne Fatih Sultan Mehmed Han’dan itibaren büyük özen göstermiş, bakım-onarım faaliyetlerini sürekli hale getirmiş ve camiyi eskisinden çok daha sağlam bir yapıya kavuşturmuştur. Bilhassa Mimar Sinan’ın Ayasofya’ya yaptığı eklemeler ve düzenlemeler, bu insanlık mirasının bugün hâlâ ayakta kalmasında çok büyük rol oynamıştır.
Fatih Sultan Mehmed Han’ın bahse konu vakıf senedinde yer alan bedduasının bir kısmı şu şekildedir:
"Eğer bu hayır müesseseleri yıkılacak olursa, ikinci defa, üçüncü defa ila ahir yeniden inşa oluna… Bütün bu şerh ve ta'yin eylediğim şeyler, tesbit edilen şekilde ve vakfiyede yazılı haliyle VAKIF olmuştur; şartları değiştirilemez; kanunları tağyir edilemez; asılları maksatları dışında bir başka hale çevrilemez; tesbit edilen kuralları ve kaideleri eksiltilemez; vakfa herhangi bir şekilde müdahale Allâh'ın diğer haramları gibi haramdır.
Kim ki, bozuk teviller, hurafe ve dedikodudan öteye geçmeyen bâtıl gerekçelerle, bu vakfın şartlarından birini değiştirirse veya kanun ve kurallarından birini tağyir ederse; vakfın tebdili ve iptali için gayret gösterirse; vakfın ortadan kalkmasına veya maksadından ve gayesinden başka bir gayeye çevrilmesine kast ederse, vakfın temel hayır müesseselerinden birinin yerine başka bir kurum ikame eylemek ve vakfın bölümlerinden birine itiraz etmek dilerse veya bu manada yapılacak değişiklik veya itirazlara yardımcı olur yahut yol gösterirse; veya şer'-i şerife aykırı olarak vakıfda tasarruf etmeye azm eylerse, mesela şeri'ata ve vakfiyeye aykırı ferman, berat, tomar veya ta’lik yazarsa veyahut tevliyet hakkı resmi yahut takrir hakkı resmi ve benzeri bir şey taleb ederse, kısaca bâtıl tasarruflardan birini işler yahut bu tür tasarrufları tamamen geçersiz olan yazılı kayıtlara ve defterlere kaydeder ve bu tür haksız işlemlerini yalanlar yumağı olan hesaplarına ilhak ederse, açıkça büyük bir haramı işlemiş olur, günahı gerektiren bir fiili irtikâb eylemiş olur. Allâh'ın, meleklerin ve bütün insanların la'neti üzerlerine olsun. Ebeddiyyen Cehennemde kalsınlar, onların azapları asla hafifletilmesin ve onlara ebediyyen merhamet olunmasın. Kim bunları duyup gördükten sonra değiştirirse, vebali ve günahı bunu değiştirenlerin üzerine olsun. Hiç şüphe yok ki, Allâh her şeyi işitir ve her şeyi bilir (Kur’ân-ı Kerim, Bakara Sûresi, 2/181)."